Foi criado por marinheiros do 1º Distrito Naval, que moravam na Rua Céres, no bairro de Bangu. Participa inicialmente do Departamento Autônomo, campeonato de clubes amadores promovido pela FFERJ, sagrando-se campeão em 1985 e vice em 1986.
Sede do Céres Futebol Clube
Estréia no profissionalismo em 1988 na Terceira Divisão de Profissionais. Fica na primeira fase em quarto lugar no seu grupo e é eliminado da fase final. Em 1989, se classifica em segundo na primeira fase e quase chega à final do campeonato, quando fica em segundo na sua chave.
A glória advém em 1990, quando se sagra campeão da Terceira Divisão, o título mais representativo da sua história. Contudo, em 1991, o Céres, que deveria ser promovido à antiga Segunda Divisão, que viraria nesse ano Módulo "B" da Primeira, é simplesmente remanejado juntamente com os outros times de seu módulo para uma Segunda Divisão com cara de Terceira. Fica em quinto lugar na classificação geral.
O deputado estadual e presidente da agremiação Coronel Jairo
Em 1992, no mesmo módulo, fica em quinto lugar na fase inicial, não alcançando a seguinte. Em 1993, é apenas o oitavo em sua chave, repetindo uma campanha ruim. Em 1994, apenas o sétimo na fase inicial em seu grupo. No ano seguinte, é o segundo colocado em sua chave na primeira fase, terminando o campeonato em quarto no hexagonal final.
Em 1996, participa da Divisão Intermediária, que continua sendo na prática uma Terceira Divisão. Perde a final do primeiro turno para o Real Esporte Clube, de Angra dos Reis. No segundo turno, fica apenas com a terceira colocação, sendo eliminado da final.
Estádio João Francisco dos Santos, capacidade para 3000 pessoas
Em 1997, é convidado a integrar a verdadeira Segunda Divisão de Profissionais, a que daria acesso à Primeira, composta pelos clubes da elite. Após ser campeão do primeiro turno da segunda fase, classifica-se para a final da competição, perdendo o título para o Friburguense, obtendo então seu melhor resultado na 2ª Divisão de Profissonais, o vice-campeonato. Em 1998, é eliminado na primeira fase, ficando em quarto na sua chave. No ano seguinte, a campanha é muito semelhante. A agremiação fica em terceiro, não prosseguindo na competição.
Em 2000, fica em segundo em sua chave na primeira fase, se classificando. Na fase seguinte, termina em sétimo na sua chave e sai da disputa final. Em 2001, é o segundo colocado no seu grupo na fase inicial. Na fase posterior, acaba em quinto lugar e é eliminado novamente.
Vista das arquibancadas do estádio
Em 2002, o azul-celeste da Zona Oeste termina como líder em seu grupo na fase inicial, se classificando. Na seguinte, fica em terceiro e acaba eliminado, visto que apenas os dois primeiros lograram classificação.
Em 2003, acaba em terceiro na sua chave e é eliminado logo na primeira fase da competição. Em 2004, é sétimo apenas. No ano posterior é sexto. Em 2006, termina a primeira fase em quarto e também acaba eliminado. Em 2007, o clube licenciou-se e não disputou o Campeonato Carioca da Segunda Divisão, retornando à disputa no ano de 2008.
Em 2008, é quase rebaixado para a Terceira Divisão. Acaba em último lugar na sua chave na primeira fase e é obrigado a disputar uma espécie de torneio da morte ou de descenso com mais três equipes, no qual duas se salvariam e duas caíriam. O Céres termina em primeiro e se livra do rebaixamento.
Em 2009, não disputou a Segunda Divisão de Juniores, sendo eliminado da disputa Profissional. O clube alega que teria pedido licença à FFERJ, podendo retornar à mesma divisão em 2010.
Suas cores oficiais são o azul-celeste e o branco. Manda seus jogos no Estádio João Francisco dos Santos, com capacidade para 3 mil pessoas.
